Institut Pertanian Tropika (ITA) telah ditubuhkan pada tahun 2007 semasa Universiti Putra Malaysia (UPM) melaksanakan penstrukturan semula Institut/Pusat/Akademi sebagai satu  pendekatan yang proaktif dan usaha bersepadu untuk mengukuhkan status UPM sebagai Universiti Penyelidikan dan menjadi Pusat Kecemerlangan Pertanian di Malaysia.

Selaras dengan misi UPM untuk mempunyai struktur pentadbiran yang cekap dan berkesan, Universiti telah menyusun aktiviti penyelidikan kepada enam kluster iaitu: Pertanian, Makanan, Perhutanan dan Alam Sekitar, Kesihatan, Sains Sosial, dan Sains Kejuruteraan dan Teknologi, supaya usaha dalam penjanaan ilmu dan pemindahan teknologi dapat dilakukan melalui penyelidikan yang berkait rapat dengan bidang tumpuan setiap kluster. 

Justeru itu, setiap kluster dilengkapkan dangan bidang tumpuan yang relevan sebagai panduan untuk aktiviti penyelidikan yang lebih fokus dan mantap.  Kluster Pertanian merangkumi lapan bidang tumpuan selaras dengan penekanan kerajaan dalam agenda pembangunan dan kemajuan pertanian di Negara ini. Tiga daripada lapan bidang tumpuan yang dikenal pasti, iaitu Tanaman Makanan, Tanaman Perladangan dan Produksi Haiwan menjadi bidang tumpuan penyelidikan yang dipertanggungjawabkan kepada ITA.

Pada 1 Disember 2016, ITA telah dijenamakan semula sebagai Institut Pertanian Tropika dan Sekuriti Makanan (ITAFoS) untuk memperkasa peranan dan sumbangan UPM dalam menerajui inisiatif untuk meningkatkan sekuriti makanan dalam Negara. Sehubungan dengan itu, tiga laboratori distruktur semula untuk menyusun strategi membantu sektor pertanian Malaysia menghasilkan makanan yang berkualiti, mencukupi serta selamat dan diurus dengan cekap untuk produktiviti jangka panjang dan lestari. Tiga laboratori itu adalah Laboratori Pengeluaran Tanaman Makanan Pintar-Iklim, Laboratori Produksi Haiwan Lestari dan Biodiversiti; dan Laboratori Keselamatan Makanan dan Integriti Makanan.

Pada 1 Julai 2020, ITAFoS telah digabungkan dengan Institut Kajian Dasar Pertanian Makanan (IKDPM) di bawah Pelan Transformasi Governan yang dilaksanakan oleh universiti. Penggabungan ini telah melibatkan pengwujudan sebuah laboratori baharu iaitu Laboratori Kajian Dasar Pertanian dan Makanan yang berfungsi  merangka strategi untuk mempertingkatkan penggubalan dasar sedia ada dalam pertanian dan makanan, menganalisis kesan perubahan dasar awam terhadap sektor pertanian dan makanan serta menyediakan pilihan dasar kepada permasalahan utama dalam sektor pertanian dan makanan. Penggabungan ITAFoS dan IKDPM ini diharapkan dapat mewujudkan peluang baharu serta memperkasakan impak UPM khususnya dalam sekuriti makanan menerusi sinergi yang dihasilkan.